Pierwsze działania związane z ochroną bociana czarnego zostały podjęte przez Towarzystwo (wtedy Mazowieckie Towarzystwo Ochrony Fauny) w latach 1995-96. W ramach programu “Ochrona bociana czarnego i jego siedlisk w środkowo-wschodniej Polsce” skontrolowano 112 rewirów tego gatunku.

 Cele tego programu były następujące:
- poznanie rozmieszczenia i liczebności gatunku w Polsce środkowo-wschodniej
- kontrola przestrzegania przepisów o jego ochronie (zwłaszcza o ochronie stanowisk lęgowych);
- wyznaczanie stref ochronnych wokół gniazd, które ich nie posiadały;
- ochrona stanowisk innych gatunków zwierząt występujących w pobliżu gniazd bociana czarnego;
- popularyzacja potrzeby ochrony zagrożonych gatunków zwierząt i sposobów ich ochrony.

W ramach programu sporządzono i przekazano wojewódzkim konserwatorom przyrody dokumentację 38 stref ochronnych – większość z nich została zatwierdzona. Po sześcioletniej przerwie w roku 2002 program ochrony bociana czarnego został wznowiony pod nazwą “Aktywna ochrona bociana czarnego w województwie mazowieckim”. W ramach tego programu, co roku kontrolowanych było prawie 140 stanowisk bociana czarnego. Każde znane gniazdo kontrolowane było dwukrotnie w ciągu sezonu lęgowego w celu ustalenia czy gniazdo jest zajęte oraz ile młodych zostało w nim wychowanych.

W 2004 roku rozpoczęliśmy aktywną ochronę gatunku. Pierwsze działania polegały na:
- montażu zastępczych platform gniazdowych w miejscach gdzie naturalne gniazdo uległo zniszczeniu;
- wzmacnianiu konstrukcjami z żerdzi gniazd, którym zagrażał upadek;
- wycinaniu gałęzi i drzew utrudniających bocianom dolot do gniazda.
W sumie takim zabiegom poddano 10 gniazd położonych w 9 nadleśnictwach Niziny Mazowieckiej.

Również w 2004 roku zainicjowaliśmy program "Aktywna ochrona bociana czarnego i jego siedlisk", którego celem było zachowanie i odtwarzanie leśnych środowisk podmokłych - miejsc, w których bocian czarny zakłada gniazda i żeruje. Chcieliśmy to osiągnąć poprzez działania zwiększające retencję wodną - budowę zastawek i innych urządzeń hydrotechnicznych na rowach melioracyjnych i małych ciekach wodnych. W pierwszym etapie zabiegom zwiększającym retencję poddano dwa obiekty położone w nadleśnictwach Siedlce i Sokołów. W pierwszym z nich (Nadleśnictwie Siedlce) na rowie melioracyjnym o długości około 650 metrów zostały zbudowane 2 zastawki z możliwością regulacji przepływu wody i 3 progi o stałym piętrzeniu. W drugim (Nadleśnictwie Sokołów) na rowach o łącznej długości około 4 kilometrów zostało rozmieszczonych około 30 progów piętrzących. Całość prac została ukończona w 2005 roku.

Cele
Podejmując działania ochronne w stosunku do gniazd i siedlisk bociana czarnego chcieliśmy uzyskać następujące efekty:
- stworzenie warunków do bezpiecznego gniazdowania – przez renowację gniazd;
- poprawa warunków gniazdowania i żerowania – przez działania poprawiające retencję wodną;
- ochronę bioróżnorodności – w miejscach występowania bociana czarnego występuje również wiele innych, chronionych gatunków roślin i zwierząt;
- poprawę kondycji drzewostanów – przez poprawę retencji wodnej;
- stabilizację stanowisk – przez renowację gniazd i poprawę retencji wodnej – co poprawi skuteczność ochrony gatunku.